Latmos ve Herakleia, Bafa Gölü’nün denizle birleşik olduğu dönemde Latmos Körfezi olarak bilinen körfezin kıyısında yükselen Latmos Dağlarının (Beşparmak) güneybatı eteğindedir. Körfezin ağzının zamanla Büyükmenderes Nehrinin getirdiği alüvyonlarla dolmasıyla körfez bir göle dönüşmüştür.

Burada ilk kurulmuş olan şehir Latmos’tur. Şehrin sahip olduğu araziye Latmia deniliyordu. Bölgenin adı daha Yununlıların Anadolu’ya yerleşmesinden önce burada yaşamakta olan Karialılardan gelmektedir.

Latmos Dağının doruğu, “Yağmur ve Gök Tanrısının” kültüyle özdeşleşmiştir. Latmos Dağındaki kaya kovuklarında bulunan M. Ö. 8 ile 4 bin yıllarına ait kaya resimlerinde “Yağmur ve Gök Tanrısına” tapınmayı betimlenmiştir. Kaya resimleri, kadın, erkek ve çocuklardan oluşan toplulukların silah, av veya savaş gibi hiçbir şiddet içermeyen dinsel törenlerini yansıtmaktadır.

M. Ö. 2 bin yılında Latmos Hitit İmparatorluğu toprakları içine katılmıştır.

Latmos, M. Ö. 5. yüzyılda Attika – Delos deniz birliğine üyeydi ve 1 talent vergi ödüyordu.

M. Ö. 300 yılı yakınlarında Latmos şehri terk edilerek Herakleia kenti kurulmuştur. Herakleia kenti kurulurken Latmos kentinin kalıntılarından yararlanılmış ve eski kent adeta bir taş ocağı gibi kullanılmıştır. Herakleia kenti ile komşu şehirlere, iri taşlarla döşeli yollarla bağlanmıştır. Ayrıca Menderes ve Marsyas vadilerindeki ana yollarla da bağlantı sağlanmıştır. Herakleia, Latmos körfezinin arka ucundaki konumuyla batı yönünden gelen gemilerin son durağını, Karia bölgesinin içlerine uzaman kara yolunun ise başlangıcını oluşturuyordu. 3. yüzyıl başlarında Karia’nın büyük bir bölümü Makedonyalı general Pleistarkhos’un egemenliğine girmiştir. Pleistarkhos, Herakleia’yı egemenliği altındaki toprakların başkenti yapmıştır. Kente o zamanlar Makedon generalin adına uygun biçimde Pleistarkia adı verilmişti. Onun ölümünden sonra kentin adı Herakleia olarak değiştirildi. Herakleia, Helenistik dönemde oldukça gelişmiş olmasına karşın Roma Çağında bir ölçüde ihmale uğradı.

M. Ö. 200’de Miletos ile Magnesia (Kemer) arasında çıkan savaşta Herakleia Miletos’un müttefiki olarak girmiştir. Herakleia 190 yılındaki Magnesia (Manisa) Savaşından önce Suriye kralı Antiokhos’un elinde idi. Bu savaşı kazanan Romalı general Scipio, Herakleia’nın konsey ve halk meclisine yazdığı bir mektupta şehre özgürlük ve özerklik vaat etmişti. Nitekim 189 yılındaki Apameia barışında Herakleia Rodos’a verilmemiştir. Şehir bu tarihten başlayarak sikke başmağa başlamıştır. Sikkeler üzerindeki başlıca betimlemeler; Herakles’in koruyucu ilahesi Athana’nın miğferli başı, Herakles’in kendi sakallı başı, sopası, yayı ve okudur. Aphrodite veya Artemis olması muhtemel bir tanrıçanın başı da betimlenmiştir.

Herakleia bu yüzyılda Miletos ile bir isopoliteia anlaşması yapmıştır. Bu anlaşma ile iki taraf birbirine vatandaşlık hakkı verir, ortak savunma için karara varırlar ve karşılıklı olarak transit ve gümrük resimleri kaldırılır, Amyson ile bir arazi konusunda anlaşmaya varılası yine bu yüzyıl içinde olmuştur. Herakleia M. Ö. 78 yılında Lagina’daki Hekate tapınağı ile bu tapınakta dört yılda bir kutlanan bayramların asylia, yani masumiyet hakkını tanımıştır. 51 yılında Puteoli’li banker Marcus Cluvius’a olan borcunu ödeyemeyecek bir duruma düşmüştür.

M. S. 7. yüzyılda Sina’dan ve Yemen’den kovulan birçok Hıristiyan keşiş ve münzevi kutsal dağ sayılan Latmos Dağına sığındı. Buradaki mağaralarda, kaya kovuklarında İsa ve havarilerinin fresklerini yaptılar. Orta Çağda Latmos Dağı, manastır yaşamının merkezi haline gelmiştir.

Herakleia, birbirini dikey olarak kesen caddeleri ve dikdörtgen meydanları ile düzenli bir planlamayla kurulmuş bir şehirdir.

Herakleia’nın kuruluş yıllarında yapılan Athena tapınağı kentin ana tapınağıdır. Yerel gnays kayasından yapılmış olan ve o zamanlar beyaz boyalı sıvayla kaplı olan cella duvarı, günümüzde çatıya kadarki duvar yüksekliğiyle halen ayaktadır. Ayrıca kentin tiyatrosu, tiyatronun biraz ilersinde nymphaion, yani büyük bir meydan çeşmesi halen daha görülebilir durumdadır. Mitolojideki Ay Tanrıçası Selene ile aşkları dillere destan olan ve bu nedenle sonsuz bir uykuya mahkum edilen çoban Endymion tapınağı da halen daha büyük ölçüde ayaktadır.

Herakleia’nın büyük bir ustalıkla yapılmış olan surları dikkat çeker. Ancak M. Ö. 5. yüzyılın sonuna dek savunma yapıları bulunmayan Latmos, açık bir yerleşmeydi. Şehir, olasılıkla M. Ö. 4. yüzyılın ilk çeyreğinde surlarla çevrilmiştir. Surların uzunluğu 6.5 kilometreyi bulur ve 65 kulesi vardır. Kentin savunma sistemi 14 kule ve 3 kale ile yine savunma işlevi gören pek çok iç ve dış yapıdan oluşmuştur.

Herakleia’da Yediler Manastırı, Stylos Manastırı, Soteros Manastırı gibi manastırlar vardır. Manastırların yakınlarında ise keşişlerin tek başlarına yaşadıkları mağara veya kaya kovuklarına pek çok çilehane yapılmıştır. Manastırların çoğu 7. ve 8. yüzyıllarda yapılmıştır. Ayrıca bu manastırların savunması için kale ve kuleler de yapılmıştır. Bu kule ve kalelerin bazıları bölgeye 11. yüzyılda başlayan Türk akınlarına karşı inşa edilmiştir.14. yüzyılda Türklerin bölgeye egemen olmasından sonra Latmos manastırları tümüyle terkedilmiştir.